COMODO Cleaning Essentials (CCE) представляет собой набор инструментов для чистки зараженных компов. Основным применением CCE является мощнейший сканер вирусов, шпионского ПО, руткитов и т.п. Он имеет наиболее расширенное сканирование и способы чистки, которые не представлены еще в CIS. Также появился мощнейший инструмент под заглавием Killswitch, который предназначен только для профессионалов для диагностики всех процессов в компьютере.