От инфицирования через подключаемые устройства надёжно защищены компьютеры. Но не сами устройства. И если антивирус по каким-то причинам не смог удалить вирус на флэшке, то он спокойно может надругаться над данными на самой карте памяти.

У вас пропали папки на флешке. Или перестали открываться на телефоной съемной памяти. Втаком случае, туда попал вирус. Как удалить вирус скрывающий папки и вернуть скрытые папки смотрите в этом видео.