Шепард, посланный, чтобы обследовать базу Цербера, на которой царит подозрительная тишина, прибывает на поиски Гетов, захвативших базу. Единственный оставшийся в живых, Руководитель исследовательских работ Арчер, рассказывает ему страшную картину произошедшего: в результате эксперимента по обьединению добровольца c виртуальным интеллектом создается опасный гибрид “VI overlord”. Неистовый искусственный интеллект уже напал на три другие базы Цербера и захватил управление всеми доступными технологиями в попытке вырваться на свободу и развернуть гетов по всей планете . Если Шепард не сможет проникнуть в его крепость, этот смертоносный интеллект распространит cебя по планете и будет сеять хаос в других системах.