Действие игры происходит в феодальной Японии в Период Сенгоку. Главный герой - бродячий ронин, который прибывает в маленькой провинции Gishu Amana, которая находится под властью клана Фьюджимори. Противостоит им партия Ука, которые ранее в числе самураев клана Сакурай, которые ранее властвовали в этой провинции. Они хотят вернуь себе власть в провинции. Третья сторона - жители деревни Косшу, страдающие из-за высоких налогов. Как и в предыдущих частях в Way of the Samurai 3 свободный геймплей и концовка зависит от действий игрока.