Со времени событий, происходящих в первом эпизоде, прошло 6 лет. Человечество ввязалось в кровавую гражданскую войну между центральным правительством Орбитальных спутников и самозваным Альянсом людей и пришельцев - новой организацией с таинственной программой и происхождением. Кэл Уорден оставил войска N.O.V.A. много лет назад и сейчас живет вместе с другими колонистами на планете Скорпиус. Но война вторглась даже в это мирное место...