Прошло всего два года с последнего вторжения Пожинателей, которое благополучно разрешил командор Шепард, и снова беда! Появляется новый, еще более опасный враг для всего человечества. Он безжалостно уничтожает людей, находящихся в местах исследованного космоса. Перед главным героем "Спектром", стоит задача противостоять этой угрозе и для этого придеться сотрудничать с могущественной организацией "Цербер", которая во что бы то ни стоило, просто обязана спасти человечество.