Маленький мальчик Бастиан содержится в специальном закрытом учреждении для детей с неким хромосомным синдромом. В его руки попадает книга, которая повествует о похождениях другого мальчика, юного гения Павла Медиоланумского. Книга описывает события 27-го года новой эры, в эпоху зарождения христианства. Павел, являющийся, несмотря на юный возраст, одним из самых известных философов Римской империи, приезжает в Виффагию Иудейскую. Там живёт некий знахарь, у которого Павел хочет вылечить от бесноватости свою сестру Пенелопу.