Место игры – футуристический Токио, в котором Кен (над его дизайном трудился Keiji Nakaoka, дизайнер персонажей Lost Planet), протагонист Ninja Blade, дерется за права простых самураев. Арсенал главного героя заполняют всего три оружия, между которыми можно переключаться в режиме реального времени: katana (быстрые атаки, которыми можно застать врасплох противника), Souken (двойные мечи, легко заменяют нунчаки в бою) и Taiken (тяжёлый меч, в основном используется против супостатов с тяжёлой бронёй). За годы существования Токио не раз подвергалась нападениям недругов. Паразиты Carriers, способные превратить в зомби любое живое существо, притаились и ждут своего часа. Усмирять злобных гадов предстоит Кену и его верному клинку (традиционный апгрейд оружия на месте).