В 2038 году группа мусорщиков входит в комплекс Kyron-5 в поисках драгоценного вещества Texmexium. Все они погибают, кроме механика Бруклина...

Хронологически события "Macross Zero" происходят до тех, что показаны в первом сериале, а именно в 2007 году, на фоне глобальной войны человечества. В 1999 году на землю падает огромный инопланетный корабль и люди, наконец, воочию узнают, что они не одни во вселенной. Это событие становится толчком к началу войны между ООН и анти-ООН.

В прошлом человечество пережило войну с расой гигантов Зентреди. После битвы с инопланетными захватчиками, человечество оказалось на грани вымирания и как единственный путь развития было принято решение осваивать космос. За много лет, прошедших с момента катастрофы, люди испели побывать в каждом уголке вселенной.

Альтернативная реальность: Британская Империя захватила треть мира, обрушивая на непокорных мощь своей военной машины. В Японии, захваченной и переименованной в «Зону 11», вместе с младшей сестрой живёт старшеклассник Лелуш – изгнанный сын Императора, потерявший мать и право на престол. Юноша отличается от сверстников не только происхождением – он весьма одарённая личность, только где применить эти способности?