Хронологически события "Macross Zero" происходят до тех, что показаны в первом сериале, а именно в 2007 году, на фоне глобальной войны человечества. В 1999 году на землю падает огромный инопланетный корабль и люди, наконец, воочию узнают, что они не одни во вселенной. Это событие становится толчком к началу войны между ООН и анти-ООН.

Горо возвращается в Японию. Его с небольшими проблемами принимают в сборную бейсбольную команду станы. Мировой турнир между Японие и США. Он на тестовом периоде и тренирует новую подачу. Интересно, будет ли он в стартовом составе...

После драматичного матча в финале Кубка Мира Горо Сигэно получил широкую известность и попал в МЛБ – главную бейсбольную лигу Америки. Публика, репортеры и владелец клуба «Индиана Хорнетс» возлагают на 19-летнего питчера большие надежды, но опытные игроки, в том числе новые товарищи по команде, не спешат с оценками – молодых да ранних в большом спорте видали с избытком.

Ученик начальной школы Котаро Хигути – сирота, его мать погибла в ДТП. Котаро живет вдвоем с отцом, ходит в школу, потихоньку ведет хозяйство (готовит, стирает и моет посуду), дружит с отличником Аянокодзи и троечницей Кобоси-тян. Всё, в общем, как у людей... и так до тех пор, пока по соседству с ним не поселяется ангел – в образе простодушной, непутевой и очень-очень приставучей Миси! – который начинает, в меру своих ангельских сил, защищать и оберегать Котаро-куна.

На дворе стояло промозглое зимнее утро. Самый обыкновенный старшеклассник Кён проводил утренние процедуры без каких-либо отклонений от нормы. Будильник был все таким же наглым и бессердечным, лицо в зеркале над раковиной отнюдь не лучилось бодростью и весельем, а возвышенность, на которой располагалась школа, по-прежнему хладнокровно испытывала школьников на выносливость. И все же что-то в тот день было не так: странности начались с обмолвки Танигути о вещах, весьма озадачивших Кёна...

В современном обществе уже никто не удивляется инопланетянам. Они спокойно уживаются с землянами, живут вмете с нами и ходят в наши школы. Но иногда случаются такие моменты, когда наши судьбы тестно переплетаются с инопланетной культурой. На дом ни в чём не подозревавшего Казуто-сама сваливается инопланетный корабль с умопомрачительной девушкой - Валькирией.

Михаши Рэн - лучший питчер недавно основанной бейсбольной команды старшей школы Нишиура. Однако, несмотря на исключительный талант, он крайне неуверен в себе из-за считавших его неудачником бывших одноклубников из средней школы - академии Михоши, в которой Михаши был основным питчером в течение трех лет.

В прошлом человечество пережило войну с расой гигантов Зентреди. После битвы с инопланетными захватчиками, человечество оказалось на грани вымирания и как единственный путь развития было принято решение осваивать космос. За много лет, прошедших с момента катастрофы, люди испели побывать в каждом уголке вселенной.

У мастера боевых искусств школы Хайра Итидэн Мусо нет наследника, только дочь. И пусть Момоко – сильный боец, но ей не дано достичь настоящих высот. Мастер Кудзурю, впрочем, придумал достойный выход из положения: если выдать дочку за наследника соседней боевой школы Басара Фудо Сингэн, то его внук обязательно станет непобедимым воином!.. Для осуществления этого плана нужны сущие пустяки – Момоко должна отправиться в клан Инудзука, разыскать Кодзи Инудзуку и использовать по назначению...

По песчаной планете, где царят нравы Дикого Запада, а поселения существуют за счет гигантских электролампочек, все так же бродит одинокий стрелок-пацифист и любитель пончиков, наводящий ужас на народные массы и страховые компании. Человек в красном плаще не зря носит прозвище Ураган – его решения, принятые из лучших побуждений, очень часто приводят к бурным и весьма разрушительным последствиям.

Альтернативная реальность: Британская Империя захватила треть мира, обрушивая на непокорных мощь своей военной машины. В Японии, захваченной и переименованной в «Зону 11», вместе с младшей сестрой живёт старшеклассник Лелуш – изгнанный сын Императора, потерявший мать и право на престол. Юноша отличается от сверстников не только происхождением – он весьма одарённая личность, только где применить эти способности?

Туманным октябрьским утром 1600 года близь маленькой деревушки Сэкигахара состоялась судьбоносная для Японии битва, победу в которой одержал клан Токугава, объединивший страну под единой властью и положивший начало периоду Эдо, двухсотпятидесятилетней эпохе мира и процветания. В гуще этого сражения сошлись в смертельном поединке два могучих воина - Кёсиро Мибо и "Демоноглазый" Кё, прозванный так за кровавый цвет глаз, один взгляд которых повергал в трепет даже бывалых самураев.

Киндзо Усиромия, глава богатого и влиятельного клана, давно удалился от дел и живет на уединенном острове Роккэн вместе с семьей старшего сына Клауса. В 1986 году на ежегодную встречу прибывают остальные наследники Киндзо вместе с супругами и детьми.

Мир недалекого будущего поразила смертельная «болезнь клеточного уплотнения», она же «вирус Медузы». Одной из попыток спасения человечества стал проект «Холодный сон», организованный группой «Врата Венеры». В 2015 году на краю Шотландии несколько десятков избранных поместили в анабиоз в надежде, что через сотни лет или исчезнет вирус, или отыщется лекарство. Юная японка Касуми Исики отправилась в криогенную камеру с тяжелым сердцем – ее сестру-близнеца Сидзуку не выбрали для эксперимента. Впрочем, большинство участников, отдавших себя на милость науки и суперкомпьютера «Алиса», тоже знали, что расстаются с родными и близкими навсегда. Пробуждение оказалось жутковатым – среди гигантских терний и малоприятных созданий, обрадовавшихся бесплатной закуске. Покорители времени наглядно убедилось в верности старой поговорки: «Ожидаешь лучшего – готовься к худшему». А уж дальше пошла такая игра на выживание, что жарко стало и людям, и монстрам! Число извивов и хитросплетений в лабиринте шипастых джунглей можно сравнить только с поворотами сюжета!

В центре сюжета - две школьницы: Курой Мато и и Таканаси Ёми. Девушки попадают в другой мир, где каждая из них - тёмная версия себя настоящей (Black Rock Shooter и Dead Master), вынужденная убивать.
Параллельные миры. Темный и мрачный мир постоянных сражений, и светлый и незатейливый мир обычной повседневной жизни.